Bei der Zubereitung von Roggenbrot gilt es, mehrere Dinge zu beachten.
Die Versäuerung von Roggenbrotteigen ist nach wie vor unerlässlich. Zwar haben sich im Laufe der Jahre durch Züchtung und die Entwicklung von Hybrid-Sorten die Roggenmehle deutlich in ihrer Enzymaktivität geändert, jedoch leider zum Nachteil. Durch die hohe Enzymaktivität im Roggenmehl war es früher unablässig, den Brotteig zu versäuern. Nur so konnte eine intakte und bekömmliche Brotkrume bzw. Brotstruktur erreicht werden. Heutzutage ist eine Versäuerung des Roggenmehls jedoch nach wie vor zu empfehlen. Die Roggenmehle sind zwar in ihrer Enzymaktivität gesunken, neigen aber sehr deutlich zu trockenbackenden Mehlen - dies bedeutet, die Brote werden schneller „altbacken”. Der Einsatz von Sauerteig erzielt nicht nur die typische Struktur des Roggenbrotes, sondern auch eine beträchtlichere und biologische Verlängerung der Haltbarkeit und Frischhaltung. Zusätzlich liefert die Sauerteig-fermentation Aromavorläuferstoffe, die während des Backprozesses dann zu unseren deutlich wahrnehmbareren Aromen umgesetzt werden. Ebenfalls werden durch den Einsatz von Sauerteig die Bestreichbarkeit der Brote und die Schnittfähigkeit verbessert. Richtig geführter und natürlicher Betriebssauerteig bringt somit nur Vorteile mit sich, da dieser die Brotqualität deutlich erhöht. Nicht umsonst sagt man, dass der Sauerteig das „Baby des Bäckers“ ist.
Da Roggenmehle im Vergleich zu Weizenmehlen einen höheren Anteil an Pentosanen haben, sind Roggen- und Roggenmischbrotteige etwas klebriger und eher plastischer als Weizenteige. Dies sollte bei der Herstellung von Roggenbrotteigen berücksichtigt werden. Der erhöhte Pentosan-Gehalt wirkt sich zusätzlich zur Sauerteigzugabe auf die Intensivknetzeit aus. Je höher der Roggenmehl- und der Sauerteiganteil in der Brotrezeptur, desto stärker verringert sich die schnelle Knetlaufzeit und kann bei 100%igen Roggenbroten sogar entfallen.
Neben dem Einsatz von Sauerteig spielt in der finalen Brotqualität auch der Backprozess eine wichtige Rolle. Speziell Roggen- oder Roggenmischbrotteige sollten „scharf“ angebacken werden. Das bedeutet, mit hoher Anfangstemperatur (250 bis manchmal 280 °C) starten und diese nach einigen Minuten wieder auf ca. 210 °C reduzieren. Somit wird eine krosse Kruste erzielt, die zudem Aroma und Geschmack liefert und das Brot noch qualitativ wertvoller macht. Je nach Brotgewicht ist die Backzeit variabel. Eine Faustregel besagt, je Kilogramm Brot sollte eine Stunde Backzeit eingeplant werden, damit das Brot vollständig durchgebacken ist und alle genannten Vorteile tatsächlich wirken können.